Sekembali dari Tanah Suci makkah ke Tanah Air Indonesia mula-mula beliau mendirikan pesantren Al Mujahidin pada tahun 1934 M. kemudian pada tanggal 15 Jumadil Akhir 1356 H./ 22 Agustus 1937 M. beliau mendirikan Madrasah Nahdlatul Wathan Diniyah Islamiyah (NWDI). Madrasah ini khusus untuk mendidik kaum pria. Kemudian pada tanggal 15 Rabiul Akhir 1362 H/21 April 1943 M. beliau mendirikan madrasah Nahdlatul Banat diniah Islamiyah (NBDI) khusus untuk kaum wanita. Kedua madrasah ini merupakan madrasah pertama di pulau lombok yang terus berkembang dan merupakan cikal bakal dari semua madrasah yang bernaung di bawah Organisasi Nahdlatul Wathan. Dan secara khusus nama madrasah tersebut diabadikan menjadi nama Pondok Pesantren Daurun Nahdlatain Nahdlatul Wathan. Istilah “Nahdlatain” diambil dari kedua madrasah tersebut.

Pada tahun 1952, madrasah-madrasah cabang NWDI-NBDI  yang didirikan oleh para alumni di berbagai daerah telah berjumlah 66 buah. Maka untuk mengkoordinir, membina dan mengembangkan madrasah-madrasah cabang tersebut beserta seluruh amal usahanya, Al Mukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid mendirikan Organisasi Nahdlatul Wathan yang bergerak di dalam bidang pendidikan, sosial dan dakwah islamiyah pada tanggal 15 Jumadil Akhir 1372 H./ 1 Maret 1953 M. sampai dengan tahun 1997 ini lembaga-lembaga pendidikan yang dikelola oleh Organisasi Nahdlatul Wathan telah berjumlah 747 buah dari tingkat taman kanak-kanak sampai dengan perguruan tinggi, begitu juga lembaga sosial dan dakwah islamiyahNahdlatul Wathan berkembang dengan pesat bukan hanya di NTB melainkan juga diberbagai daerah di Indonesia seperti NTT, Bali, Jawa Timur, Jawa Barat, DKI Jakarta, Riau Sulawesi, Kalimantan dan lain-lain.

Pada zaman penjajahan, Al Mukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid juga menjadikan madrasah NWDI dan NBDI sebagai pusat pergerakan kemerdekaan, tempat menggembleng patriot-patriot bangsa yang siap  bertempur melawan dan mngusir penjajah. Bahkan secara khusus Al Mukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid bersama guru-guru Madrasah NWDI-NBDI membentuk suatu gerakan yang diberi nama “Gerakan Al Mujahidin”. Gerakan Al Mujahidin ini bergabung dengan gerakan-gerakan rakyat lainnya dipulau Lombok untuk bersama-sama membela dan mempertahankan kemerdekaan dan keutuhan Bangsa Indonesia. Dan pada tanggal 7 Juli 1946. TGH. Muhammad Faizal Abdul Majid adik kandung Al Mukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid memimpin penyerbuan tanksi militer NICA di Selong. Dlam penyerbuan ini gugurlah TGH. Muhammad Faizal Abdul Madjid bersama dua orang santri NWDI sebagai Syuhada’ sekaligus sebagai pencipta dan penghias Taman Makam Pahlawan Rinjani Selong Lombok Timur.

Al Mukkarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid sebagai ulama’ pemimpin umat, dalam kehidupan bermasyarakt dan berbangsa telah mengemban berbagai jabatan dan menanamkan berbagai jasa pengabdian, diantaranya :

1. Pada tahun 1934 mendirikan pesantren Al-Mujahidin
2. Pada tahun 1937 mendirikan Madrasah NWDI
3. Pada tahun 1943 mendirikan madrasah NBDI
4. Pada tahun 1945 pelopor kemerdekaan RI untuk daerah Lombok
5. Pada tahun 1946 pelopor penggempuran NICA di Selong Lombok Timur
6. Pada tahun 1947 / 1948 menjadi Amirul Haji dari Negera Indonesia  Timur
7. Pada tahun 1948/1949 Anggota Delegasi Negara Indonesia  Timur ke Saudi Arabia
8. Pada tahun 1950 Konsulat NU Sunda Kecil
9. Pada tahun 1952 Ketua Badan Penaseha Masyumi Daerah Lombok
10. Pada tahun 1953 Mendirikan Organisasi Nahdlatul Wathan
11. Pada tahun1953 Ketua Umum PBNW Pertama
12. Pada tahun 1953 merestui terbentuknya parti NU dan PSII di Lombok
13. Pada tahun 1954 merestui terbentuknya PERTI Cang  Lombok
14. Pada tahun 1955 Anggota Konstituante RI hasil Pemilu I (1955)
15. Pada tahun 1964 mendiriakn Akademi Paedagogik NW
16. Pada tahun 1964 menjadi PesertKIAA (Konferensi Islam Asia Afrika) di Bandung
17. Pada Tahun 1965 mendirikan Ma’had Darul Qu’an Wal Hadits Al Majidiyah Asy Syafi’iyah Nahdlatul Wathan
18. Pada tahun 1972-1982 Anggota MPR RI hasil pemilu II dan III
19. Pada tahun 1971-1982 Penasehat Majlis Ulama’ Indonesia Pusat
20. Pada tahun 1974 mendirikan Ma’had Lil Banat
21. Pada Tahun 1975 Ketua Penasehat Bidang Syara’ Rumah Sakit Islam Siti Hajar Mataram (sampai 1997)
22. Pada tahun 1977 mendirikan Universitas Hamzanwadi
23. Pada tahun 1977 Menjadi Rektor Universitas Hamzanwadi
24. Pada tahun 1977 mendirikan fakultas tarbiyah universitas hamzanwadi
25. Pada Tahun 1978 mendirikan STKIP Mamzanwadi
26. Pada tahun 1978 mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Hamzanwadi
27. Pada tahun 1982 mendirikan Yayasan Pendidikan Hamzan wadi
28. Pada tahun 1987 mendirikan Universitas Nhdlatul Wathan mataram
29. Pada tahun 1987 mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Hamzanwadi
30. Pada tahun 1990 mendirikan Sekolah Tinggi Ilamu Dakwah Hamzanwadi
31. Pada tahun 1994 mendirikan Madrasah Aliyah Keagamaan putra-putri
32. Pada tahun 1996 mendirikan Institut Agama Islam Hamzanwadi

Oleh karena jasa-jasa beliau itulah maka pada tahun 1995 belau dianugerahi Piagam Penghargaan dan medali Pejuang Pembangunan oleh pemerintah.

Al Mukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid selaku ulama’ pewaris para nabi, di samping menyampaikn da’wah bil hal wa bil lisan, juga tergolong penulis dan pengarang yang produktif. Bakat dan kemampuan beliau sebagai pengarang ini tumbuh dan berkembang sejak beliau masih belajar di Madrasah Shaulatiyah Makkah. Namun karena banyaknya dan padatnya kegiatan keagamaan dan keasyarakatan yang harus diisi maka peluang dan kesempatan untuk memperbanyak tulisan tampaknya sangat terbatas. Kendatipun demikian di tengah-tengah keterbatasan waktu itu, beliau masih sempat mengarang beberapa kitab, kumpulan do’a, dan lagu-lagu perjuangan dalam bahasa Arab, Indonesia dan Sasak, diantaranya Risalah Tauhid, Sullamul Hija Syarah Safinatun Naja Nahdlatuz Zainiah, At Tuhfatul Ampenaniyah, Al Fawakihun Nahdliyah, Mi’rajush Shibyan ila Sama’i Ilmil Bayan, An Nafahat ‘Ala Taqriratis Saniyah, Hizib Nahdlatul Wathan, Hizib Nahdlatul Banat, Tariqat Hizib Nahdlatul Wathan, Batu Ngompal, Anak Nunggal, Taqrirat Batu Ngompal, Wasiat Renungan Masa I dan II, Ta’sis NWDI, Imamunasy Syafi’I, dan lain-lain.

Disamping itu, Almukarram Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid selaku seorang mujahid selalu berupaya mengadakan inovasi dalam gerakan perjuangannya untuk meningkatkan kesejahteraan ummat demi kebahagian di dunia maupun di akhirat. Di antara inovasi / rintisa-rintisan beliau adalah menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran agama Islam di NTB dengan sistem madrasi, membuka lembaga pendidikan khusus untuk wanita, mengadakan ziarah umum Idul Fitri dan Idul Adha dengan mendatangai jamaah di samping didatangi, meyelenggarakan pengajian umum secara bebas, mengadakan gerakan do’a dengan berhizib, mengadakan syafatul kubro, menciptakan tariqat, yakni tariqat Hizib Nahdlatul Wathan, membuka sekolah umum disamping sekolah agama (madrasah), menyusun nazam berbahasa Arab bercampur bahasa Indonesia, dan lain-alin.

Sebagai seorang Ulama’ mujahid beliau telah memberikan keteladanan yang terpuji. Seluruh sisi kehidupan beliau, beliau isi dengan perjuangan memajukan agama, nusa dan bangsa. Tegasnya tiada hari tanpa perjuangan. Itulah yang senantiasa terlihat dan terkesan dari seluruh sisi kehidupan beliau yang patut dicontoh dan diteladani oleh seluruh pengikut dan murid beliau.